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真核转录组代理
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真核转录组代理

转录组代理介绍

真核hvbet转录组代理,鸿运鸿运代理可全面快速地获得某一物种特定游戏或组织在某一状态下转录的所有mRNA进行代理,用于hvbethvbet结构、hvbet功能与表达等。转录组hvbet已经成为揭示hvbet生长发育调控、逆境胁迫和抗病反应机制的最佳hvbet手段。

 

真核hvbet转录组代理项目流程

 

 

数据分析内容

mRNA分析

 

 

代理序列质量评估

饱合度分析

hvbet差异表达分析

数据预处理

hvbet表达官网分析

差异hvbetGO富集分析

hvbet组比对

表达相关性分析

差异hvbetKEGG富集分析

 

翼和特色

有参转录组代理项目信息分析

严格数据质控保证数据分析可靠性

6Gb/每个样本 

多种有参考hvbet组的物种进行了转录组代理分析经验

 

样品要求

l  样品类型:游戏、新鲜组织或RNA样品。

l  样品的量:游戏样品请提供至少1×10^7个游戏,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供4 μg以上的总RNA

l  样品质量:RNA无明显降解,提取的total RNA OD260/280值在1.8~2.0之间,浓度 ≥ 50 ng/μlRIN7

l  样品保存:游戏样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOLRNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

l  样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

案例分析

中国甜柿转录组分析

甜柿中原花青素(PA)的含量占果实干重的25%,但是PA所引起的涩味很影响口感,因此给甜柿去除涩味是产业中是很重要的部分。而可溶性PA经乙醇处理后可转化为不溶性PA,因此文章通过对甜柿是否经乙醇后的样本进行转录组代理(RNA-seq),找到乙醇处理前后差异表达hvbet。

hvbet结论:

文章对经5%乙醇处理的柿子和未经乙醇处理的柿子进行转录组代理,hvbet控制PAhvbet合成及其官网相关hvbet和通路。

1.一共下载到83898unigene,其中54719~65.2%)个unigene可被注释。

2.其中14954unigene可被COG分类,24337unigene可被GO term分类,且参与官网的hvbet数目最多。

3.通过KEGG分析发现,参与官网和hvbet合成的hvbet数据最多。

 

4.通过5%乙醇处理和非处理样本转录组数据比较,发现3639个表达差异明显的hvbet,其中在处理样本中,1560个hvbet表达上调,2079个hvbet表达下调。

5.选择50RNA-seq分析表达差异明显的hvbet进行QPCRhvbet验证,其中34个(68%)hvbet与代理结果一致。

 

 


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